由于GLP-1肽链的N端往往与受体结合的活性相关，因此长链脂肪酸修饰往往在肽链的C端进行。长链脂肪酸可与血液中的白蛋白结合，脂肪酸链越长，与白蛋白结合越紧密，从而延长GLP-1多肽药物在血液循环中的时间。然而，用于修饰的脂肪链越长往往导致GLP-1和受体的结合能力下降，因此需要在长效与活性之间寻求一个平衡。通常采用C16、C18或C20长链脂肪酸，如司美格鲁肽和替尔泊肽使用的十八烷二酸单叔丁酯和二十烷二酸单叔丁酯。
此外，长链脂肪酸修饰通常在GLP-1分子的Lys26赖氨酸残基上进行，并且通过一个亲水基团与赖氨酸残基相连。该亲水基团可以是AEEA-AEEA或PEG类。
目前市面上较火爆的两款多肽药物如司美格鲁肽和替尔泊肽均是将与氨基酸相连的亲水基团和长链脂肪酸通过γ-Glu介导相连，得到两种多肽药物的修饰侧链，侧链信息分别如下：
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