目前，超强新冠病毒变异株 Omicron（B.1.1.529）在全球快速蔓延，为疫情防控监测系统带来了巨大挑战。华大智造 ATOPlex V3.0 试剂盒能够稳定地制备覆盖毒株全长序列的测序文库，搭配 DNB 测序和分析系统即可分型所有流行毒株。从 Alpha 到 Omicron，只需一套建库试剂，就可针对新型毒株提供简单有效的监测。
南非一个传染病救治点的医护人员正因新冠病毒变异株的传播忙碌（来源/Alet Pretorius/Gallo Images/Getty）
超强毒株来袭 挑战疫情监测系统
截止日前，新冠疫情造成超过 2.6 亿人感染，超 500 万人死亡。WHO 发布的数据显示，世界疫情已经经历了三波高峰。11 月 11 日，就在全球普遍认为第三波疫情持续放缓之时，最新变异毒株 B.1.1.529 超越正在流行的优势株 Delta 毒株，成为了最新的强势毒株，该毒株被 WHO 命名为 Omicron。根据 Nextclade 最新的数据，Omicron 变异株包含 61 个氨基酸突变，对应到核酸序列上有 50 个新型变异，包括 6 个缺失突变和 44 个碱基替换突变（https://covariants.org/variants/21K.Omicron）。其中，刺突蛋白上有 30 多个突变，包括关键部位 ACE2 受体 RBD 区域的 10 个突变，很可能影响到现有疫苗的疗效。
Omicron 变异株的突变分布图（来源/斯坦福大学冠状病毒抗病毒与耐药数据库）
目前，基于多重 PCR 的测序技术是新冠毒株监测的主流技术，从 Alpha 到 Beta，到 Delta，再到最新的 Omicron，新冠病毒不断变异，每次变异都给以 PCR 技术为基础的测序监测技术带来了巨大的挑战。
ATOPlex V3.0 实现双重覆盖全长基因组，从容应对毒株变异
基于多重 PCR 核心技术，华大智造 ATOPlex 平台推出 V3.0 版建库试剂盒应对疫情挑战。ATOPlex V3.0 试剂盒采用双保险引物设计，在一次实验中同时对病毒基因组进行 2 次扩增，任意一管都可以扩增出接近新冠全长序列，有效降低由于病毒突变带来的失败风险。
ATOPlex V3.0 工作原理
如上图所示，Pool1 和 Pool2 两套不同引物池分别扩增一个完整的新冠全基因组，从而有效降低由于毒株突变带来的引物扩增失败的风险，为持续有效地检测新型未知突变株提供有力保障。
华大智造在第一时间拿到 Omicron 序列后就完成了对 ATOPlex 试剂盒的溯源性能评估，ATOPlex V3.0 建库试剂盒联合 DNBSEQ 测序系统能够有效对 Omicron 毒株进行分析，基因组覆盖度超过 99.2%，在鉴定新型突变的同时获取完整基因组序列。
TOPlex V3.0 设备属性
华大智造从疫情初期开始，就一直致力于为疫情监测系统提供最新、最优的工具，并帮助多个城市和地区在第一时间确认新冠变异毒株的分型，如 Alpha、Delta 等。11 月 29 日，华大智造帮助瑞典公共卫生局合作的卡罗林斯卡医学院国家疫情中心完成首例 Omicron 的监测。
ATOPlex V3.0 联合 DNBSEQ 测序和分析系统，快速应对疫情监测
ATOPlex V3.0 联合 DNBSEQ 测序系统，在 18 小时内就能完成毒株全基因组组装和分型工作，帮助公共卫生监测系统快速、持续地对新冠变异情况进行跟踪。
华大智造抗疫产品
华大智造密切关注新冠突变情况，自疫情暴发初期开始，就通过核心产品基因测序仪和自动化设备为全球 70 余个国家疫情防控提供工具支撑。随着疫情的不断变化，华大智造将持续更新和优化包括建库测序系统在内的产品及平台，为新型突变和疫情监测提供更有力的工具保障，助力全球抗疫！