关键词
QE HF；DDA；DIA；Hela；蛋白质鉴定；定量蛋白质组学
引言
数据非依赖性的扫描模式（data-independent acquisition, DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式[1]。它的理念是用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量。DIA 扫描模式中，超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并快速地依次扫描相邻的母离子宽口内的所有碎片离子。DIA 的数据中包含了所有碎片离子的保留时间和强度信息。用非常小的质量偏差宽口（如 10 ppm）目标性地抽提同一肽段的多个子离子，计算子离子的强度，就能对该肽段进行鉴定和定量。DIA 定量相比传统的基于母离子强度的 DDA 定量有选择性好，定量准确等优点[1]，所以 DIA 成为定量蛋白组学新的发展方向。
Q Exactive HF 是赛默飞世尔科技在 2014 年的 ASMS 上推出的全新静电场轨道阱超高分辨质谱仪（图 1）[2,3]。Q Exactive HF 采用了分段式四极杆技术（Advanced Quadrupole Technology，AQT） 使离子传输效率至少提高了 2 倍；超高场 Orbitrap 技术，提高了 Orbitrap 扫描速度，在 15000 分辨率时，二级谱图的扫描速度是 20 Hz。这两项技术提高了 QE HF 进行 DDA、DIA 数据的采集能力。本文用 1 小时快速色谱梯度对 QE HF 的 DDA 鉴定能力和 DIA 定量能力进行考察，同时从定量肽段数目和 CV 两方面对 DDA 定量和 DIA 定量能力进行比较。
实验条件
实验材料和方法
Pierce HeLa Protein Digest Standard（货号：88329），稀释至 500 ng/µl，EASY-nLC 进样 1µl，500 ng进行 DDA、DIA 数据采集，每种采集模式重复 3 遍。
高效液相色谱分离
高效液相色谱仪：EASY-nLC 1000 (Thermo ScientifificTM)
分析柱：实验室自制 C18, 15 cm, ID 75 µm, 3 µm
流动相：A：0.1% 甲酸水溶液；B：0.1% 甲酸乙腈溶液
梯度：60 min, 3/0 – 6/2 – 22/48 – 40/53 – 80/55 – 80/60（%B/min）
流速：300 nL/min