Q Exactive HF DIA 实现高通量血清蛋白质组定量分析

2020-07-24 11:55 来源:赛默飞 作者:周岳
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关键词

Q Exactive HF,DDA,DIA,血清,定量蛋白质组学

数据非依赖性的扫描模式(data-independent acquisition, DIA)是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式(1)。DIA 扫描模式中,超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂,采集所有母离子的碎片离子,并快速地依次扫描相邻的母离子窗口内的所有碎片离子。DIA 的数据中包含了所有碎片离子的保留时间和强度信息。用非常小的质量偏差窗口(如 10 ppm)目标性地抽提同一肽段的多个子离子,计算子离子的强度,就能对该肽段进行鉴定和定量。DIA 定量相比传统的基于母离子强度的 DDA 定量有选择性好,定量准确等优点,所以 DIA 成为定量蛋白组学新的热门发展方向(2)

Q Exactive HF 是赛默飞世尔科技在 2014 年的 ASMS 上 推出的全新静电场轨道阱超高分辨质谱仪(3, 4)。Q Exactive HF 采 用了分段式四级杆技术(Advanced Quadrupole Technology,AQT)使离子传输效率至少提高了 2 倍;超高场 Orbitrap 技术,提高了 Orbitrap 扫描速度,在 15000 分辨率时,二级谱图的扫描速度是 20Hz。这两项技术提高了 Q Exactive HF 进行 DDA、DIA 数据的采集能力。本文用 Q Exactive HF 质谱,150 min 色谱梯度对血清蛋白质组进行 DIA 定量分析,考察 Q Exacive HF DIA 定量的能力。

实验条件

实验材料和方法

三种状态的血清(C, LC, HGC),每种状态进行 3 次生物学重复,共 9 个样本。血清未去除高峰度蛋白直接进行还原、烷基化、酶切,得到肽段。样品中加入 iRT 肽段用于保留时间校正,DDA,DIA 数据采集,每个样本,每种采集模式重复 3 遍,DDA 用于构建谱图库,DIA 用于定量分析。

NanoLC

高效液相色谱仪:Thermo Scientific Easy-nLC 1000;色谱柱:analytical column(C18,3 µm,100Å,75 µm x 20 cm);流动相:A:0.1% Formic acid in water;B:0.1% Formic acid in Acetonitrile;梯度:3%-8% B in 4 min, 8%-30% B in 153 min,30%-90% B in 10 min,90%- 90% B in 3 min;流速:300 nL/min

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编辑: 翟超男

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