关键词
Q Exactive HF，DDA，DIA，血清，定量蛋白质组学
数据非依赖性的扫描模式（data-independent acquisition, DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式(1)。DIA 扫描模式中，超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并快速地依次扫描相邻的母离子窗口内的所有碎片离子。DIA 的数据中包含了所有碎片离子的保留时间和强度信息。用非常小的质量偏差窗口（如 10 ppm）目标性地抽提同一肽段的多个子离子，计算子离子的强度，就能对该肽段进行鉴定和定量。DIA 定量相比传统的基于母离子强度的 DDA 定量有选择性好，定量准确等优点，所以 DIA 成为定量蛋白组学新的热门发展方向(2)。
Q Exactive HF 是赛默飞世尔科技在 2014 年的 ASMS 上 推出的全新静电场轨道阱超高分辨质谱仪(3, 4)。Q Exactive HF 采 用了分段式四级杆技术（Advanced Quadrupole Technology，AQT）使离子传输效率至少提高了 2 倍；超高场 Orbitrap 技术，提高了 Orbitrap 扫描速度，在 15000 分辨率时，二级谱图的扫描速度是 20Hz。这两项技术提高了 Q Exactive HF 进行 DDA、DIA 数据的采集能力。本文用 Q Exactive HF 质谱，150 min 色谱梯度对血清蛋白质组进行 DIA 定量分析，考察 Q Exacive HF DIA 定量的能力。
实验条件
实验材料和方法
三种状态的血清（C, LC, HGC），每种状态进行 3 次生物学重复，共 9 个样本。血清未去除高峰度蛋白直接进行还原、烷基化、酶切，得到肽段。样品中加入 iRT 肽段用于保留时间校正，DDA，DIA 数据采集，每个样本，每种采集模式重复 3 遍，DDA 用于构建谱图库，DIA 用于定量分析。
NanoLC
高效液相色谱仪：Thermo Scientific Easy-nLC 1000；色谱柱：analytical column（C18，3 µm，100Å，75 µm x 20 cm）；流动相：A：0.1% Formic acid in water；B：0.1% Formic acid in Acetonitrile；梯度：3%-8% B in 4 min， 8%-30% B in 153 min，30%-90% B in 10 min，90%- 90% B in 3 min；流速：300 nL/min