领星医学研究总监刘俊博士:精准医疗在肝癌研究与肝移植中的应用

2019-12-17 17:33 来源:丁香园 作者:
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2019 年 12 月 8 日,第十七届全国肝癌学术会议-领星医学卫星会在上海国际会议中心成功举办。会议由中国科学院院士、复旦大学附属中山医院院长樊嘉院士担任大会主席,领星医学 CEO 许强博士担任大会主持。

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会上,领星医学研究总监刘俊博士为大家进行了主题报告,题目为「精准医疗在肝癌研究与肝移植中的应用」

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刘俊博士作报告

(图片来源于医会宝)


主题报告

领星 On Watch 定制 ctDNA 指纹谱在肝细胞癌肝移植患者中的应用实例

刘俊博士首先为大家分享了一例使用临床全外显子组测序(CWES)+个体化定制 ctDNA 帮助肝细胞癌肝移植患者从临床治疗路径推荐、肿瘤耐药监测到耐药后可行治疗策略推荐的完整应用案例。目前,患者的病情稳定,各项指标都已降至正常水平。在这个案例中,领星 ctDNA 指纹谱准确可靠地监测了患者的肿瘤发展情况,能够更早地发现肿瘤可能的耐药机理,为后续临床治疗路径的推荐提前做准备。

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一例肝细胞癌患者的 ctDNA 指纹谱

(点击可查看大图)

在该患者的监测过程中发现,大多数基因的丰度趋势与总 ctDNA 趋势高度一致,仅有 GNAQ 突变的丰度趋势在第二次监测后持续上升,且并未随着治疗而降低,是潜在的导致肿瘤再次复发的危险因子。

现有研究表明,GNAQ 是眼葡萄膜黑色素瘤中的一个肿瘤驱动基因。对于上述 GNAQ 升高的肝移植患者,一旦出现耐药突变或许可以从在研的针对 GNAQ 信号通路的靶向新药 IDE196 或针对 GNAQ 相关的 FAK 通路的抑制剂中获益。


领星 On Watch 定制 ctDNA 指纹谱的技术优势 

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领星 On WatchTM 定制 ctDNA 指纹谱的设计理念

(点击可查看大图)

随后,刘俊博士就一般 ctDNA 液体活检领域中的技术瓶颈问题进行了探讨,包括由于造血细胞克隆性扩增带来的假阳性和由于欠敏感标志物带来的假阴性问题。领星定制化的 ctDNA 指纹谱是指根据每一个患者 CWES 检测结果通过领星独有的 CSMT 专利算法筛选出具体患者的肿瘤所特有的突变基因(多数为非肿瘤驱动基因,常规的非定制 ctDNA panel 不会包括),以筛选出一组该患者肿瘤所特有的突变基因作为目标,然后进行多重 PCR 富集和深度测序(达到 20000X,是非定制化 ctDNA 测序的 10 倍),监测灵敏度可达 0.1%。

因此,领星的定制 ctDNA 指纹谱从原理上避免了造血细胞克隆性扩增等非肿瘤因素导致的假阳性问题,也同时很好地解决了假阴性问题,具有极高的特异性和灵敏度,便于长期准确跟踪患者疾病状况。


领星数据智能服务的应用实例

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西方与中国肝细胞癌患者基因变异谱数据库比较

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领星将自建的中国肿瘤患者基因组数据库与西方主流基因组数据库进行对比后发现中国肝癌患者的基因变异谱与西方数据库展示的具有很大的差异,所以针对国内患者的病程监测、用药考量、临床试验设计乃至研究都需要考虑患者的遗传背景。领星开发的数据智能(DI,Data Intelligence)在上述问题中能有很好的应用。以下为 DI 系统在免疫治疗匹配中的应用实例:

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独立验证与机制(MOA)研究 1

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2018 年在《Science》上发表的一篇研究显示,患者携带 HLA-B*15:01 亚型与免疫治疗的疗效呈负相关(图左)。领星 DI 根据其包含的深度三维数据(全面基因组+临床病史+长期生存)整合数据集对这一研究结果进行了再次的验证(图右),发现在中国患者中 PD-1/L1 的疗效与 HLA-B*15:01 亚型同样呈显著的负相关。

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独立验证与机制(MOA)研究 2

同样的,领星 DI 还可以一键进行更多基因组和临床因素组合的可视化多维组间差异分析,例如上图,分析结果显示贝伐单抗、奥沙利铂的治疗效果与 HLA-B*15:01 亚型无显著相关。领星 DI 独立地验证了 HLA-B 亚型与不同药物治疗预后的相关性。此外,领星 DI 还可根据研究人员的兴趣所在为他们提供丰富的定制化系统开发,用人工智能算法助力发掘隐藏的信息,例如疾病治疗靶点、生物标志物、药物联合、临床试验中的患者分层、药物适应症的拓展等等,以实现全部的数据潜能。未来,领星也期待能和更多的医、教、研机构进行深度的合作。


讲者信息

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/ 刘俊 博士 /

医学研究总监

刘俊博士在北京大学取得化学学士和硕士学位,在美国华盛顿大学 (Washington University in St. Louis) 取得生物化学博士学位。拥有二十年的生命科学研究经验。研究的领域从方法上涉及生物化学,分子生物学,细胞生物学,基因组学及遗传学;从应用上涉及肿瘤学,病原微生物及免疫学,神经发育及干细胞分化,药物靶点搜寻及药物筛选,精准医疗器件开发等。

刘俊博士在超高分辨率荧光显微成像技术发面颇有造诣;在国际知名期刊上发表论文二十多篇,它引 1700 多次。

此外刘俊博士还曾担任过一家美国生物技术初创公司的高级科学家和印第安纳大学(Indiana University Bloomington) 基因组学与生物信息学平台主管。


图片来源:领星


编辑: 虞佳男

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