2019 年 11 月 22-24 日，第五届欧洲肿瘤内科学会年会（ESMO）亚洲大会在新加坡召开。领星携手复旦大学附属中山医院多位在肉瘤领域极有建树的专家共同撰写制作的肉瘤相关 poster 获得了最佳展板。
领星获最佳展板
展板题目为「Integrated Genomic and Transcriptomic Analysis Revealed MutagenicPatterns of De-differentiated Liposarcoma and Leiomyosarcoma in ChinesePatients」。
L 型肉瘤是软组织肉瘤中最常见的亚型，包括脂肪肉瘤 (LPS) 和平滑肌肉瘤 (LMS)。LMS 和去分化脂肪肉瘤 (DDLPS) 的侵袭性强且复发率高，临床上的治疗手段以手术为主，但两者在组织学、生物学和临床行为上存在显著差异。因此，领星对 LMS 和 DDLPS 样本进行了全外显子组测序 (WES) 和转录组分析（RNA-seq），以期能够找出 LMS 和 DDLPS 病因的关键区别，助力临床中的病理分型及治疗选择。
该研究共纳入了 32 例来源于中山医院的肉瘤患者，包括 20 例 LMS 及 12 例 DDLPS，所有患者均进行了 WES 检测，其中 8 例 LMS 及 8 例 DDLPS 样本进行了 RNA-seq 检测。
对这些患者的基因检测数据进行分析后发现：
WES 能够发现 LMS 和 DDLPS 中不同的遗传变异模式
（点击查看大图）
LMS 与 DDLPS 之间差异程度最高的前 20 个基因如图 A 所示，其中 55% 的 LMS 携带了 TP53 的缺失或突变，而所有的 DDLPS 患者的 TP53 均为野生型，但拷贝数分析显示 TP53 的凋亡抑制因子 MDM2 在 DDLPS 中高度扩增（位于 12q 14-15），提示了这两种肉瘤 TP53 通路失活的机制不同。
拷贝数变异的 GISTIC 分析显示（图 B），LMS 患者的拷贝数变化以 TP53、RB1 和 PTEN 等抑癌基因的缺失为主；而编码癌基因 MDM2、CDK4 和 HMGA2 的染色体 12q14-15 区的局灶性扩增是 DDLPS 最显著的特征。
RNA-seq 揭示 LMS 和 DDLPS 中染色体结构变异差异
（点击查看大图）
在进行 RNA-seq 的 8 例 LMS 和 8 例 DDLPS 中，其中 3 例 LMS（左图）中发现了 4 个融合转录本，在 8 例 DDLPS（右图）中发现了 36 个融合转录本。
DDLPS 样本的染色体重排显示了明显的染色体偏好性，12 号染色体更容易形成融合转录本，其中包括 10 个染色体间重排转录本和 12 个染色体内重排转录本；100% 的 DDLPS 患者 MDM2/CDK4 区域扩增，且这部分患者的 MDM2/CDK4 的表达水平进一步上调。
LMS 和 DDLPS 差异表达基因的通路富集分析
（点击查看大图）
使用 NetwokAnalyst 在线分析 LMS 和 DDLPS 的基因表达差异后将差异最大的前 50 个基因进行了聚类分析并利用热图将结果可视化。
进行 KEGG 通路分析后富集到的前 10 条通路如下表所示：
总结
通过以上分析可以看出，LMS 和 DDPLS 具有独特的突变模式，包括单核苷酸变异（SNV）和总体基因组不稳定。DDLPS 样本中的染色体重排，特别是在 12 号染色体上的结构变异，会导致基因扩增和融合。这两种肉瘤中不同的基因表达模式也可能是导致两者临床表型不同的原因。此外，基因融合产生的新抗原可能为软组织肉瘤的免疫治疗开辟新的途径。领星希望通过对中国人群不同肉瘤亚型的基因组及转录组数据的比较和分析能够深度挖掘不同肉瘤亚型的发病机制、分子特征及潜在治疗途径，更好地帮助医生进行分型和临床决策。
poster 信息：
CitationAnnals of Oncology (2019) 30 (suppl_9): ix135-ix139. 10.1093/annonc/mdz433
图片来源：领星