CFX Maestro 软件能够操作所有 CFX 系列实时定量 PCR 仪，进行实验设置、仪器操作和数据分析。除适用于 PC 平台（Windows 7 到 Windows 10），更推出了可在 MAC 平台（OS X El Capitan 到 Sierra）进行数据分析处理的版本。
软件全面整合了数据采集、统计学分析（t- 检验、方差分析）和用于出版发表的结果导出功能，为实时定量 PCR 仪实验提供了一站式的解决方案。
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