在动物研究中,高通量单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)被广泛用于研究细胞间基因表达的异质性、发育过程中细胞谱系的轨迹以及稀有细胞类型的鉴定,但在植物研究中却鲜有报道。
继美国密歇根大学的 John Schiefelbein 团队率先在 Plant Physiology 杂志发表了利用 10x Genomics Chromium 平台进行植物单细胞测序的研究论文以来,连续 2 个月,又有 2 篇植物单细胞测序文章分别在 Developmental Cell 和 Plant Cell 杂志上发表。证明了高通量单细胞 RNA 测序技术在植物研究中的可行性和有效性,预示着植物研究进入了单细胞时代,为研究植物生长发育提供了新的思路。
2019 年,4 月 4 日,欧易生物首例植物单细胞测序取样成功。
植物细胞不同于动物类细胞,有着厚厚的细胞壁,在上机之前,需要将植物细胞厚重的「铠甲」卸下,制备原生质体,这是整个实验的核心环节,技术操作要求性高,既要保证细胞的活率,又要细胞壁解离完全。欧易生物凭借其在植物研究领域服务多年的经验,同业内科学家一道完成了原生质体的快速制备。
01 解离成功的原生质体
02 专业技术工程师细致的上机操作
03 油包水成功
欧易生物 10x Genomics 单细胞测序平台简介
欧易生物是国内较早引进 10X Genomics 单细胞测序平台的机构之一,在医学领域提供专业的单细胞建库测序及分析服务,包括 5' 端和 3' 端基因表达分析、单细胞免疫组库分析(TCR/BCR)、ATAC-seq 分析等。欧易生物积累了丰富的单细胞项目经验。凭借专业可靠的技术储备,欧易技术团队携带仪器,现场协助完成复杂的样品制备工作,已成功完成三十余种不同类型样品的现场取样。
在植物单细胞测序方面,欧易生物也保持领先地位,已经与中科院植生所等多家科研单位开展深度合作,对多种植物的不同组织部位进行原生质体制备方面的研发工作,积累了很多经验,为植物研究领域的科学家提供最优质的植物单细胞测序服务。
参考文献
1. Kook Hui Ryu, Ling Huang, Hyun Min Kang, John Schiefelbein. Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells. Plant Physiolog. 2019; April 2019, Vol. 179, pp. 1444–1456
2. Denyer T, Ma X, Klesen S, Scacchi E, Nieselt K, Timmermans MCP. Spatiotemporal Developmental Trajectories in the Arabidopsis Root Revealed Using High-Throughput Single-Cell RNA Sequencing. Dev Cell. 2019 Mar 25;48(6):840-852
3. Jean-Baptiste K, McFaline-Figueroa JL, Alexandre CM, Dorrity MW, Saunders L, Bubb KL, Trapnell C, Fields S, Queitsch C, Cuperus J. Dynamics of gene expression in single root cells of A. thaliana. Plant Cell. 2019 Mar 28. pii: tpc.00785.2018.