10× genomics 单细胞测序样品准备指南

2019-07-23 12:13 来源:丁香园 作者:
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一、客户预约与上门建库

欧易生物向客户提供 10× genomics 上门建库服务,提前两周进行预约即可,老师需尽量自备以下仪器和耗材:


二、样品要求和样品准备原则

1. 样品要求

(1)样品总量:细胞悬浮液,一个样品细胞起始量大于 1×105个;

(2)样品浓度:5×105- 1.2×106/ mL,最低需要 1×105/ mL;

(3)细胞活性:细胞活率在 90 % 以上;

(4)细胞大小:直径小于 40 μm;

(5)细胞培养基及缓冲液不能含有 Ca2+ 和 Mg2+等影响酶活性的物质;

(6)组织需解离成单细胞悬液,植物细胞需制成原生质体。


2. 样品准备原则

(1)建议使用宽口枪头重悬,以减少对细胞的损伤;

(2)每次移液前先混匀细胞悬液,然后从管中部吸取;

(3)所有环节最好在无菌环节下操作、使用无核酸酶的试剂、减少移液步骤;

(4)取样时最好设置两个重复,对每个样品计数 2 次;

(5)弃上清时注意不要破坏细胞沉淀;

(6)某些细胞如 hPBMCs 在 PBS 中易成团状,从而降低细胞的有效浓度,因此制备细胞悬液要迅速,最好在 30 分钟内完成;

(7)最佳上样体积为 2.5 μL~15 μL,建议上样前根据需要上样的细胞数调整单细胞悬液浓度;

(8)对于直径较大的细胞如永生化细胞株建议室温下 150 rcf 离心 3 min,对于直径较小的细胞如 PBMCs 建议室温下 300 rcf 离心 5 min;

(9)重悬细胞浓度建议不要超过 5000 cells/ μL,最理想的范围保持在 700-1200 cells/ μL,此浓度下计数较为准确;

(10)一般选用含 0.04 % BSA(400 μg/mL)的 1×PBS 溶液重悬细胞。


三、样品制备方法

目前 10× genomics 样品的制备没有一个金标准,即很难找到一个可以适用于所有样品的制备方法。根据官方推荐和文献参考,结合公司在样品制备方面的技术经验,我们总结出以下不同类型样品制备单细胞悬液的方法:

(1)组织样品需要通过酶促解离的方法制成单细胞悬液,我们提供了多种类型组织的解离方案;

(2)细胞数量较少(小于 100,000)的样品可适当减少洗涤次数;

(3)细胞直径过大的样品,可以分离细胞核,制备细胞核悬液;

(4)植物细胞须要去除细胞壁得到原生质体的悬液,我们提供了苔藓样品的制备方案供老师参考。

详细的样品制备方法和步骤详见上海欧易生物推出的《10× genomics 单细胞测序样品准备指南》(目录如下图所示),若有需要的老师可向当地负责人联系。

编辑: 陆雯芸

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