若干年后,人们在讨论单细胞 ATAC-seq 时,2018 年一定是不容忽视的一个年份。
根据 Web of Science 统计数据,2018 一年 ATAC-seq 文章发表数目骤增至 26 篇,几乎达到前些年文章数目的总和。
另外一个重要的评价因素是, 10X Genomics 于 2018 年年底正式推出了第一个商业单细胞 ATAC-seq 产品及实施方案。
在过去的一段时间内,关于单细胞 ATAC-seq 各种技术原理和高分文章的解读也随之而来,例如《10X Genomics 单细胞 ATAC-seq 技术简介》。
道理能说千千万,不如落实真拼干!欧易生物在单细胞 ATAC-seq 方面,目前已经研发完成丰富的分析内容。小编在此仅通过 10X Genomics 官方提供的小鼠样本数据,为各位看官展示部分分析内容。
测序质控结果
基于 10X Genomics 官方 cellranger-atac 软件得到每个样本的质控报告,部分结果如下:
A:测序质量评估;B:有效细胞数;C:插入片段统计;D:TSS 富集分析
分析结果展示
Bulk ATAC-seq 分析
对不同样本鉴定到的 peak 进行基因组区间分布统计,同时比较不同样本之间染色质开放位点差异,以及这些差异位点临近基因的 GO 和 KEGG 富集分析。
A:peak 分布统计;B:Venn 差异分析;C:临近基因 GO 富集分析;D:临近基因 KEGG 富集分析
Motif 注释分析
将鉴定到的染色质开放位点同转录因子数据库 JASPAR 关联,可以得知每个 Motif 注释的变异性,并且根据 Motif 注释结果进行样本聚类。
A:Motif 可变性统计;B: Motif 聚类分析
聚类分析
通过 t-SNE 直接对样本进行降维、聚类分析,可以分析样本之间的相似性,或分析不同批次之间的批次效应;通过无监督聚类,可以预测细胞的实际分群情况;同时可以将不同亚群的细胞同 ImmGen 数据库关联,进行细胞类型的鉴定。
A:样本聚类分析;B: 无监督聚类分析;C:细胞类型鉴定
深入挖掘分析
根据染色质开放性可以预测临近基因的调控网络,同时也可以预测细胞发育过程的动态变化。
单细胞 ATAC-seq 可进行的分析内容远远不仅上面的这些,而且每一种分析内容都可以通过多种算法获得最优分析结果。由于篇(lao)幅(ban)有(bu)限 (rang),小编下次再和您一一道来。
最后,小编想对各位看官说:粮草已备,只待君征!