分子靶点挖掘

2019-05-16 10:09 来源:丁香园 作者:
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不论是做临床还是做科研,核心都是挖靶点!!!!!只有找到靶点,才能最终确认研究方向。


那么靶点到底是什么呢?

靶点可以是基因、可以是一种新型突变、也可以是 RNA、蛋白或者一个小分子。


那么如何找靶点?又如何用最快、最有效率的方式找到靶点?

一点点看文献?一点点做细胞实验?当然不是的,随着组学技术的飞速发展,我们有了越来越多的技术手段来解读生命体在不同时间、不同环境、影响因素下的遗传背景、蛋白、代谢物变化,这些信息是海量的,通过提取转化,我们能够更精准的看到相应的变化,并找到可能与表型变化存在联系的靶点。


以咱们若谷生物为例进行说明:

首先,背景铺垫一下,咱们上海若谷生物科技有限公司 (BIOAIDE) 是一家专业的,为临床及科研客户提供生物信息学分析、统计、高级技术咨询的新型企业,BIOAIDE 能提供多样的生物信息学、医学信息学与药物信息学  解决方案,并为基因组研究、癌症研究、心脏研究领域客户提供高级技术咨询服务。形成了临床统计、组学测序、数据挖掘与分析、算法开发与还原、软件开发、专利等完整的转化医学服务链。

接下来,咱们进入正题,若谷 目前挖掘靶点的方式有两种:一是利用已经数据库挖掘出有价值的信息,与自己的研究进行结合,并发表相关研究成果;二是,组学测序挖靶点。

咱们先说公共数据库挖掘。通常来说,要确定在具有研究潜能的候选基因,常规的方法是首先分析已有文献信息,再结合公共基因功能和信号通路数据库进行筛选。这种挖靶点的方式,对那些想发文章没思路,有了思路没有钱,有钱又找不来样本的人来说是最友好的了,  俗称「用别人的数据,发自己的文章」,但是这种省钱又省力的方法也存在 Bug,目前公共数据库挖掘是热点,但是数据库就那么多,数据也就那些,可谓僧多粥少,所以想做出点东西还是不容易了,尤其是对那些想发高分文章,想正儿八经做出点高端货的人来说就更不容易了!

所以,针对这种情况,若谷建议:如果经费充裕、样本量足够,最为直接的方法是利用高通量基因和转录组测序技术进行筛选。通过测序数据挖出来的靶点创新性好,再辅以干实验或者湿实验验证,搞出个大文章没问题。

咱们若谷云生物提供表观 DNA 组学(全基因组测序、外显子组测序、目标区域测序、单细胞基因组测序、简化基因组测序、5-hmc 图谱测定)、RNA 组学(单细胞转录组测序、全转录组测序(circRNA+lncRNA+mRNA)、转录组测序、基因芯片(表达谱,miRNA,circRNA,lncRNA+mRNA,circRNA+lncRNA+mRNA)、6mA 测序)、DNA 表观组(DNA 甲基化测序、DNA 甲基化芯片、焦磷酸测序)。

图片来源:若谷



编辑: 虞佳男

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