多数 HPV 引起良性或非肿瘤性病变。与 HPV 有关的妇科肿瘤主要为宫颈癌及其癌前病变。为数不多的 HPV 研究也已涉及卵巢癌、子宫内膜癌、阴道癌和外阴癌。有报道卵巢癌组织中 HPV16、18 的检出率分别为 21%～46% 和 35.7%，且与卵巢癌的临床分期和组织学类型无关；而正常卵巢或卵巢良性肿瘤 HPV16、18 均呈阴性。
子宫内膜癌 HPV16、18 阳性率可达 6.2%～13%，而正常子宫内膜均呈阴性。外阴基底细胞癌和湿疣样癌 HPV 阳性率可达 83.3%，且以 HPV16 型为主，而外阴角化鳞癌 HPV 可呈阴性。宫颈浸润癌 HPV 检出率报道不一，最高者可达 100%，最低者也有 50%。甚至在宫颈原位癌中也有 87% 阳性率的报道。